Miljöstyrningsrådet bildades 1995 för att vara huvudman och registreringsorgan i Sverige för EU:s miljöstyrnings- och miljörevisionsordning EMAS. De första EMAS-registreringarna gjordes under 1996. EMAS-förordningen har sedan dess reviderats och bygger nu helt på den internationella miljöledningsstandarden ISO 14001.

Företagens ökande behov av att, som komplement till miljöledningsarbetet, engagera sig i utveckling av produktrelaterad miljöinformation ledde till att Miljöstyrningsrådet 1997 också fick sina ägares uppdrag att utveckla och driva ett system för miljövarudeklarationer, EPD. EPD®systemet har successivt breddats till att nu vara ett internationellt system med registrerade miljövarudeklarationer från företag i ett stort antal länder.

I början av 2000-talet gjordes en översyn av Miljöstyrningsrådets verksamhet. Samtidigt förekom en diskussion om den framtida förvaltningen av EKU-delegationens arbete med ekologisk hållbar upphandling. Det viktigaste resultatet av deras arbete var uppbyggnaden av ett gemensamt Internetbaserat verktyg, EKU-verktyget. Det är en databas med förslag till miljökrav som kan ställas av offentliga organisationer för att i ökad utsträckning ta miljöhänsyn vid upphandling av varor, tjänster och entreprenader. Den operativa driften och vidareutvecklingen av EKU-verktyget överfördes 2003 till Miljöstyrningsrådet.

I regeringens handlingsplan för miljöanpassad offentlig upphandling 2007-2010 har Miljöstyrningsrådets identifierats som en nyckelaktör för att driva utvecklingen vidare inom detta område. I arbetsuppgifterna ingår att genom information och utbildning öka medvetenheten om möjligheterna att ställa miljökrav. Det ingår även att utveckla framtida förslag till miljökrav så att dessa också stimulerar och driver utveckling av miljöinnovationer och ett ökat marknadsutbud av miljöanpassade produkter. I samband med relanseringen av Miljöstyrningsrådet i november 2007 döptes EKU-verktyget om, och hittas nu under namnet Miljöstyrningsrådets Upphandlingskriterier.